Zunächst wurde die Zusammensetzung und Dynamik der Mikrobiota der Koji- und Moromi-Fermentation charakterisiert. Die Identifizierung der Mikroorganismen erfolgte durch den Vergleich von Spezies-spezifischen MALDI-TOF-MS Subproteom-Mustern mit Datenbanken. Dabei wurde gezeigt, dass die Mikrobiota typische Vertreter der Sojasaucen Mikrobiota des Typs "tamari-shoyu" enthält. Während zu Beginn der Fermentation die Diversität der Spezies noch sehr hoch ist, haben sich nach ein paar Wochen das Milchsäurebakterium Tetragenococcus halophilus (T. halophilus) und die Hefe Debaryomyces hansenii (D. hansenii) durchgesetzt und die Fermentation dominiert. Die in Sojasaucen mit Weizenanteil typische Hefe Zygosyccharomyces rouxii wurde nicht gefunden. Ein Beimpfen des Moromi-Ansatzes mit einem ausgereiften Moromi-Ansatz beschleunigte die Moromi Fermentation. Im Aromaprofil, das mittels Gaschromatographie (head space-Analyse) untersucht wurde, konnten einige Pyrazine und Alkohole detektiert werden, es fehlten jedoch die für "koikuchi-shouyo“ bzw. "usukuchi-shouyu" typischen Furanone, die Z. rouxii zugeordnet werden, sowie Ester und weitere Aromastoffe.
Der Einfluß des Salzgehaltes auf die Mikrobiota-Dynamik und das Aromaprofil wurden untersucht. Es zeigte sich, dass sich zwischen 10 und 15 % NaCl im Moromi Tetragenococcus halophilus und die Hefe Debaryomyces hansenii durchsetzten. Bei 20 % konnte jedoch ausschließlich die Hefe überdauern. Bei steigender Salzkonzentration benötigte D. hansenii jedoch länger, um eine messbare Zellzahl zu erreichen. Zur Verbesserung der Koji-Fermentation wurde ein Protease-Assay für die Messung der proteolytischen Aktivität im Moromi und Koji adaptiert. Damit ist es nun möglich das Temperaturprofil während der Koji-Fermentation zu optimieren, da eine hohe Aktivität der sekretierten Pilzenzyme ausschlaggebend ist für die Moromi-Fermentation. Die genetische Diversität von T. halophilus erwies sich in RAPD-PCR Analysen als hoch. Dagegen etablierte sich nur ein D. hansenii Stamm.