Die viröse Eisenfleckigkeit der Kartoffel, hervorgerufen durch das Tobacco rattle virus, wird zunehmend zu einem Problem. Die resultierenden Knollenmängel führen zu Annahmeweigerung ganzer Partien. Da das Virus aber nicht nur zu sichtbaren Qualitätsmängeln der Knolle führt, sondern sortenabhängig eine Verzögerung des Auflaufens der Pflanzen sowie Ertragseinbußen bis zu 62 % bewirkt, ist der tatsächlich verursachte Schaden deutlich höher.
Da keine Resistenzen bekannt sind, ist die frühe und sichere Diagnose infizierter Kartoffelpflanzen ein essentieller Baustein bei der Bekämpfung des Virus.
Derzeit sind zwei Nachweisverfahren zur Diagnose von TRV in Kartoffeln etabliert:
- ELISA mittels Antiseren welche das Hüllprotein des Virus erkennen, wobei dieser Test das Virus nicht umfassend nachweisen kann, da es auch zu Hüllprotein-freien Infektionen kommt (NM-Typ).
- Nachweis der RNA1 des Virus in der Knolle mittels RT-PCR. Die RNA Isolierung aus Knollen ist anspruchsvoll da die Stärkemoleküle den Aufreinigungsprozess stören. Zudem setzt diese Technik eine gute labortechnische Ausstattung mit modernen Analysegeräten voraus.
Ziel des Projekts TRV2GO war daher die Entwicklung eines einfachen, stabilen, sensitiven, ohne spezielle Ausstattung durchführbaren und somit praxistauglichen Diagnoseverfahrens für das Tobacco Rattle Virus (TRV) in Kartoffeln.
Dazu sollten verschiedene Methoden zum Einsatz kommen. Zunächst sollten polyklonale Anti-Transportprotein (TP)-Seren produziert werden, da das Transport Protein im Gegensatz zum Hüllprotein von der viralen TRV-RNA1 kodiert wird und somit auch in NM-Typ Infektionen vorhanden ist. Im Anschluss sollten diese Antiseren zur Entwicklung eines tragbaren Schnelltests verwendet werden. Parallel sollte versucht werden einen alternativen Nachweis der viralen RNA1 zu entwickeln, der sensitiv aber unabhängig von umfangreicher Laborausstattung ist. Daher sollte der Nachweis auf Basis einer isothermalen Amplifikation erfolgen.